НовостиМного видов секвенирования под капотом.


Исследователи с кафедры микробиологии Техасского университета разработали интегрированную платформу под названием CIPHER для системного анализа нескольких часто используемых наборов данных NGS, включая ChIP-seq, RNA-seq, MNase-seq, DNase-seq , GRO-seq и ATAC-seq.
Подробнее
0

НовостиVCF: Citius, Altius, Fortius!


В данной работе авторы из Департамента биостатистики Уошингтонского университета в Сиэтле  представляют новый формат данных для WGS, реализованный в пакете «SeqArray» для R/Bioconductor для хранения генетических вариантов.
Подробнее
0

НовостиКластеризация RNA-Seq стала еще умнее.

Исследователи из Департамента биостатистики Университета Питтсбурга разработали DIMM-SC, новую статистическую модель на основе распределения Дирихле для кластеризации транскриптомных данных scRNA-Seq на основе технологии droplet.

Подробнее
0

НовостиОдин пайплай to rule them all

Исследователи из Университета Вюрцбурга создали высокопроизводительный модульный пайплайн под названием ANNOgesic, который обеспечивает простой анализ данных RNA-Seq.

Это модульный инструмент командной строки, который может интегрировать различные типы данных RNA-Seq на основе протоколов dRNA-Seq (differential RNA-Seq) или RNA-Seq, которые включают фрагментацию транскриптов для генерации высококачественных аннотаций генома.

Подробнее
0

НовостиVR, теперь и для ученых.

Исследователи из Исследовательского центра биоинформатики Университета Северной Каролины представляют программный инструмент RealityConvert и связанный с ним веб-сервис, который позволяет пользователям легко преобразовывать молекулярные объекты в высококачественные 3D-модели, напрямую совместимые с приложениями AR и VR.
Подробнее
0

НовостиСобери их всех... вирусов!


Группа авторов из ИППИ (Институт проблем передачи информации) РАН разработала новый вирусоориентированный ассемблер VirGenA, который может разделять смеси штаммов разных внутривидовых генетических групп (генотипы, подтипы, клады и т. д.) и собирать отдельную консенсусную последовательность для каждой группы в смеси.

Подробнее
0

НовостиВсем сборкам по заслугам


Исследователи из Исследовательского Центра Вычислительной Геномики Принсипи Фелипе предлагают статистическую модель, которая объединяет оценки качества в геномных сборках, чтобы обнаружить несоответствующие образцы в каждом геномном регионе.
Подробнее
0

НовостиБольше знаний для структурной биологии!

Группа авторов из Испанского Национального Института Биоинформатики представляют новую версию программы 3DBIONOTES, предназначенную для анализа структурных моделей, которые используются для автоматической аннотации белков.
Подробнее
0

НовостиПрокариотические the Doors

База данных DOOR (the Database of prOkaryotic OpeRons) рассматривается с точки зрения ее основного содержания, а также набор инструментов, которые позволяют пользователю полностью использовать предсказанные опероны и идентифицировать TU (transcriptional units) для функциональных исследований прокариотического организмов.
Подробнее
0

НовостиКольцевые геномы нужно рассматривать с удобством.

В этом обзоре основное внимание уделяется программному обеспечению визуализации бактериальных геномов, в частности, семейству инструментов визуализации Circular Genome Viewer (CGView).
Подробнее
0