НовостиКольцевые геномы нужно рассматривать с удобством.

В этом обзоре основное внимание уделяется программному обеспечению визуализации бактериальных геномов, в частности, семейству инструментов визуализации Circular Genome Viewer (CGView).
Подробнее
0

НовостиКарта человеческого интерактома hu.MAP

Карта человеческого интерактома hu.MAP

 

Чаще всего под интерактомом подразумевают полный набор белок-белковых взаимодействий в клетке. Несмотря на развитие методов для изучения этих взаимодействий, мы до сих пор не можем собрать полную карту белок-белковых взаимодействий для клеток и тканей человека. Кроме интереса для фундаментальной науки, карта интерактома помогает выявлять новые белки, ассоциированные с различными заболеваниями, а это является важной прикладной задачей.

 

На данный момент hu.MAP является самой полной картой белковых комплексов человека и содержит информацию о 4659 комплексах и 56735 уникальных межкомплексных взаимодействий. С высокой достоверностью были идентифицированы более 15000 белковых взаимодействий, не описанных в исходных картах. hu.MAP - не только карта интерактома, но еще и платформа, в которую можно добавлять информацию о новых взаимодействиях, а рабочий потенциал карты прошел проверку на белковых комплексах, связанных с цилиопатиями.

 

Подробнее
0

НовостиVery Big NGS Data

 
Исследователи из Исследовательско-информационного центра по эпидемиологии в Пало-Альто представляют интерактивную аналитическую платформу с использованием базы данных, построенной на Dremel, для биоинформатического анализа на сверхбольших данных. 
Подробнее
0

НовостиТеперь видно всю микробиоту.


Группа авторов из Департамента электротехники и информатики Института науки и техники имени Масдара представляет Visibiome, поисковую систему по микробиомным данным, которая может выполнять исчерпывающий поиск сходства на основе филогении и контекстуализацию образцов, предоставленных пользователем, по набору данных профилей 16S рРНК.
Подробнее
0

НовостиПодравляем, мы нашли совпадение!

Исследователи из отдела компьютерных наук, Университет Северной Каролины в Чапел-Хилл используют технику, называемую многоуровневым выравниванием, которая позволяет сравнивать измерения разных типов биологических данных напрямую.
Подробнее
0

НовостиИ все-таки они коррелируют!


Исследователи из Университета Фудана попытались проанализировать корреляцию между точностью обнаружения транскриптов в микрочипах и  RNA-Seq в одном и том же образце ткани, чтобы исследовать воспроизводимость между этими методами.
Подробнее
0

НовостиА так ли ты хорош, sRNA-Seq?


В данном обзоре исследователи из Университета Фудана выдвигают на первый план оптимизацию и применение scRNA-seq для понимания развития межклеточной гетерогенности, генеалогии и эволюции клеток, а также транскриптомных  сетей взаимодействия с ключевыми мотивами в ответ на эффективность и токсичность препарата.
Подробнее
0

НовостиЗабег на редактирование РНК

Группа авторов из отдела биостатистики и вычислительной биологии, Школы естественных наук Университета Фудань в Шанхае представил новый метод SPRINT, который идентифицирует сайты редактирования РНК без необходимости отфильтровывать нуклеотидные варианты.
Подробнее
0

НовостиИ еще один браузер для VCF


Группа авторов из Национального института генетики в Милане разработала myVCF - автономное, простое в использовании десктопное приложение, которое основано в формате веб-браузера и подходит для систем Windows, Mac и UNIX.
Подробнее
0