НовостиVCF: Citius, Altius, Fortius!


В данной работе авторы из Департамента биостатистики Уошингтонского университета в Сиэтле  представляют новый формат данных для WGS, реализованный в пакете «SeqArray» для R/Bioconductor для хранения генетических вариантов.
Подробнее
0

НовостиКластеризация RNA-Seq стала еще умнее.

Исследователи из Департамента биостатистики Университета Питтсбурга разработали DIMM-SC, новую статистическую модель на основе распределения Дирихле для кластеризации транскриптомных данных scRNA-Seq на основе технологии droplet.

Подробнее
0

НовостиОдин пайплай to rule them all

Исследователи из Университета Вюрцбурга создали высокопроизводительный модульный пайплайн под названием ANNOgesic, который обеспечивает простой анализ данных RNA-Seq.

Это модульный инструмент командной строки, который может интегрировать различные типы данных RNA-Seq на основе протоколов dRNA-Seq (differential RNA-Seq) или RNA-Seq, которые включают фрагментацию транскриптов для генерации высококачественных аннотаций генома.

Подробнее
0

НовостиVR, теперь и для ученых.

Исследователи из Исследовательского центра биоинформатики Университета Северной Каролины представляют программный инструмент RealityConvert и связанный с ним веб-сервис, который позволяет пользователям легко преобразовывать молекулярные объекты в высококачественные 3D-модели, напрямую совместимые с приложениями AR и VR.
Подробнее
0

НовостиСобери их всех... вирусов!


Группа авторов из ИППИ (Институт проблем передачи информации) РАН разработала новый вирусоориентированный ассемблер VirGenA, который может разделять смеси штаммов разных внутривидовых генетических групп (генотипы, подтипы, клады и т. д.) и собирать отдельную консенсусную последовательность для каждой группы в смеси.

Подробнее
0

НовостиВсем сборкам по заслугам


Исследователи из Исследовательского Центра Вычислительной Геномики Принсипи Фелипе предлагают статистическую модель, которая объединяет оценки качества в геномных сборках, чтобы обнаружить несоответствующие образцы в каждом геномном регионе.
Подробнее
0

НовостиБольше знаний для структурной биологии!

Группа авторов из Испанского Национального Института Биоинформатики представляют новую версию программы 3DBIONOTES, предназначенную для анализа структурных моделей, которые используются для автоматической аннотации белков.
Подробнее
0

НовостиПрокариотические the Doors

База данных DOOR (the Database of prOkaryotic OpeRons) рассматривается с точки зрения ее основного содержания, а также набор инструментов, которые позволяют пользователю полностью использовать предсказанные опероны и идентифицировать TU (transcriptional units) для функциональных исследований прокариотического организмов.
Подробнее
0

НовостиКольцевые геномы нужно рассматривать с удобством.

В этом обзоре основное внимание уделяется программному обеспечению визуализации бактериальных геномов, в частности, семейству инструментов визуализации Circular Genome Viewer (CGView).
Подробнее
0

НовостиКарта человеческого интерактома hu.MAP

Карта человеческого интерактома hu.MAP

 

Чаще всего под интерактомом подразумевают полный набор белок-белковых взаимодействий в клетке. Несмотря на развитие методов для изучения этих взаимодействий, мы до сих пор не можем собрать полную карту белок-белковых взаимодействий для клеток и тканей человека. Кроме интереса для фундаментальной науки, карта интерактома помогает выявлять новые белки, ассоциированные с различными заболеваниями, а это является важной прикладной задачей.

 

На данный момент hu.MAP является самой полной картой белковых комплексов человека и содержит информацию о 4659 комплексах и 56735 уникальных межкомплексных взаимодействий. С высокой достоверностью были идентифицированы более 15000 белковых взаимодействий, не описанных в исходных картах. hu.MAP - не только карта интерактома, но еще и платформа, в которую можно добавлять информацию о новых взаимодействиях, а рабочий потенциал карты прошел проверку на белковых комплексах, связанных с цилиопатиями.

 

Подробнее
0