НовостиОдиночные клетки в клинике.

Исследователи из Медицинского научно-исследовательского института QIMR Berghofer представляют практическое руководство, помогающее исследователям разрабатывать свои первые пайплайны по scRNA-seq, включая вводную информацию об экспериментальном оборудовании, выборе протокола, контроле качества, анализе данных и биологической интерпретации.
Подробнее
0

НовостиМитохондриальный советник


Исследователи из Института трансляционных наук Скриппса разработали SG-ADVISER mtDNA, веб-сервер для облегчения анализа и интерпретации геномных данных мтДНК, поступающих из экспериментов секвенирования следующего поколения (NGS).
Подробнее
0

Новости / СобытияСледи за сборками, будь осторожен.


В последнее время было разработано много приложений для исправления ошибок секвенирования в данных, генерируемых на платформах Illumina. Считается, что при снижении числа ошибок во входных данных увеличивается эффективность работы de novo сборщиков. Удивительно, но систематическая проверка этого предположения с использованием современных методов сборки отсутствует даже для недавно опубликованных методов.

Подробнее
0

НовостиХитрее чем просто scRNA-Seq

Чтобы лучше исследовать клеточную гетерогенность, исследователи из Вашингтонского университета разработали комбинаторную стратегию индексирования для профилирования транскриптомов одиночных клеток или ядер, называемых sci-RNA-seq (комбинаторное индексирование РНК-секвенирования одиночных клеток).

Подробнее
0

НовостиPacBio still got it


В этом исследовании исследователи из Нанкайского Университета представили общую схему для использования секвенирования транскриптома по технологии PacBio для исследования митохондриальных РНК. В результате они выпустили первый полноразмерный митохондриальный транскриптом человека на основе публичных данных.
Подробнее
0

НовостиО микробах доступно!

BioCyc - это веб-портал для хранения и анализа микробных геномов, который объединяет данные о тысячах геномов с дополнительной информацией, полученной с помощью программ и данные импортированные из других баз данных и биомедицинской литературы и проверенные кураторами-биологами.
Подробнее
0

НовостиПсихические расстройства, теперь и в R.

PsyGeNET - это база знаний, которая собирает и проверяет информацию о психиатрических заболеваниях и связанных с ними генах. R - пакет psygenet2r был разработан для облегчения запроса и анализа данных PsyGeNET и обеспечения его интеграции с другими пакетами, имеющимися в R, для разработки рабочих пайплайнов биоинформатического анализа.
Подробнее
0

НовостиIllumina vs. Ion Torrent


Несмотря на то, что Illumina во многом доминировала в области RNA-Seq, одновременная доступность Ion Torrent заставила ученых задаться вопросом, какая платформа наиболее эффективна для анализа дифференциальной экспрессии генов.
Подробнее
0

НовостиTROM: анализ без корреляции.


Исследователи из UCLA предлагают метод TROM (Transcriptome Overlap Measure), основанный на тестах, для сравнения транскриптомов внутри или между различными видами, который предоставляет другую метрику сравнения, в отличие от традиционных корреляционных методов анализа для выявления транскриптомного сходства.

Подробнее
0