Федеративная биоиинформатика.

Федеративная биоиинформатика.

 

источник


Federation является популярной концепцией в создании распределенных инфраструктур, благодаря чему вычислительные ресурсы предоставляются несколькими организациями через единый портал, что снижает сложность перемещения данных между этими организациями. Federation была использована в биоинформатике только в ограниченной степени, а именно, в организации хранилищ данных, например, Консорциум SBGrid для структурной биологии и Gene Expression Omnibus (GEO) для функциональной геномики. Групп авторов из факультета компьютерных наук Университета Пурду полагает, что важно объединять как вычислительные ресурсы (CPU, GPU, FPGA и т. д), Так и хранилища данных для поддержки популярных биоинформатических порталов, с быстро растущими объемами данных и увеличением требований к обработке данных. Яркий пример и тот, который обсуждается в статье -  это геномика и метагеномика. Очень важно, чтобы обработка данных выполнялась без переноса данных на большие сетевые расстояния. Авторы демонстрируют, что предложенный ими дизайн и разработка благодаря их опыту работы с метагеномными данными (RAST (MG-RAST)), является самым популярным пайплайном для метагеномного анализа. Однако в рамках недавно начатого совместного проекта «Национальные институты здравоохранения» авторы предпринимают шаги по объединению этой инфраструктуры. В этой статье исследователи описывают вычислительные инструменты, которые будут полезны для объединения биоинформатической инфраструктуры и существующих исследовательских задач, которые авторы видят при объединении таких инфраструктур.


Ссылка на статью

все для dle
0
Добавить комментарий

Оставить комментарий