In RNA unitas

In RNA unitas


источник


Секвенирование NGS является ключевым методом в исследованиях малых РНК. Использование секвенирования привело к открытию большому количеству разных видов небольших некодирующих РНК в последние годы. Однако надежная аннотация обширного количества небольших некодирующих РНК-данных, полученных с помощью высокопроизводительного секвенирования, требует много времени и требует надежных биоинформатических пайплайнов. Кроме того, существующие инструменты имеют ряд недостатков, в том числе отсутствие чувствительности при определенных условиях, ограниченное количество поддерживаемых биологических видов или обнаруживаемых подклассов малых РНК.


Исследователи из Университета Йоханнеса Гутенберга разработали unitas, готовое готовое программное обеспечение для полной аннотации наборов 

последовательностей малых РНК, поддерживающее широкий диапазон биологических видов, для которых доступны референсные последовательности РНК доступные в базах данных Ensembl (в настоящее время более 800). Unitas сочетает в себе высококачественную аннотацию и многочисленные функции анализа в удобной для пользователя форме. Полная аннотация может быть начата с одной простой команды в командной строке, что делает unitas особенно полезным для исследователей, не имеющих доступа к помощи биоинформатиков. Примечательно, что алгоритмы, реализованные в unitas, находятся на одном уровне или даже превосходят сопоставимые существующие инструменты для аннотации малых РНК, которые сопоставляются с общедоступными базами данных ncRNA.


Ccылка на репозиторий

Ссылка на статью

все для dle
0
Добавить комментарий

Оставить комментарий