Illumina vs. Ion Torrent

Illumina vs. Ion Torrent


источник


Несмотря на то, что Illumina во многом доминировала в области RNA-Seq, одновременная доступность Ion Torrent заставила ученых задаться вопросом, какая платформа наиболее эффективна для анализа дифференциальной экспрессии генов (DGE). В предыдущие исследованиях этой проблемы обычно использовали контрольные образцы, полученные из клеточных линий и ткани головного мозга, и не связанные с биологической изменчивостью. Хотя эти сравнения могут показать тканеспецифическую экспрессию, обусловленную значительными различиями в транскрипции, это не самый стандартный случай использования данной технологии.

Исследователи из Университета Пенсильвании использовали стандартный экспериментальный дизайн  (опыт/контроль), который позволил оценить эти платформы в аналогичных экспериментах по оценке дифференциальной экспрессии генов. В частности, они оценивали воспалительную реакцию печени у мышей, анализируя РНК печени у контрольных и животных, обработанных IL-1β, с помощью платформ Illumina HiSeq и Ion Torrent Proton. Они обнаружили наибольшую разницу между платформами на уровне выравнивания ридов, умеренным уровнем согласованности на уровне анализа DGE и почти идентичными результатами на уровне дифференциально выраженных метаболических путей. Интересно, что исследователи также наблюдали сильное статистическую взаимосвязь между платформой секвенирования и выбором выравнивателя. Выравнивая как реальные, так и симулированные данные Illumina и Ion Torrent с помощью наиболее часто упоминаемыми в литературе выравнивателями, они заметили, что различные комбинации выравнивателей и платформ лучше подходят для зондирования различных геномных признаков, например, устанавливая источник экспрессии в парах ген-псевдоген.


Ссылка на статью

все для dle
0
Добавить комментарий

Оставить комментарий