TROM: анализ без корреляции.

TROM: анализ без корреляции.

 

Схема работы метода TROM

источник

Сравнительная транскриптомика приобретает все большую популярность в геномных исследованиях благодаря развитию технологий высокопроизводительного секвенирования, а также  экспрессионных микрочипов, которые породили многочисленные транскриптомные данные. Важным вопросом является понимание сохранения и расхождения биологических процессов у разных видов. Исследователи из UCLA предлагают метод TROM (Transcriptome Overlap Measure), основанный на тестах, для сравнения транскриптомов внутри или между различными видами организмов, который предоставляет другую метрику сравнения, в отличие от традиционных корреляционных методов анализа для выявления транскриптомного сходства. В частности, метод TROM фокусируется на идентификации ассоциированных генов, которые выявляют характеристики биологических образцов на молекулярном уровне, а затем сравнивая биологические образцы, метод проверяет перекрытие их ассоциированных генов. Исследователи использовали смоделлированные и реальные данные, чтобы продемонстрировать, что TROM является более эффективным методом в идентификации подобных транскриптомов и более устойчив к стохастическому шуму в экспрессии генов, чем корреляции Пирсона и Спирмена. Исследователи применили TROM для сравнения этапов развития шести видов дрозофилы C. elegans, S. purpuratus, D. rerio и мышиной печени и обнаружили интересные паттерны соответствия, которые подразумевают консервативные программы экспрессии генов в развитии этих видов.

Ccылка на R-пакет

Ссылка на статью

все для dle
0
Добавить комментарий

Оставить комментарий