Транскрипты из стали

Транскрипты из стали

Для анализа данных РНК-секвенирования (RNA-Seq) были разработаны многочисленные методы, но большинство из них опирается на доступность референсного генома, что делает их непригодными для немодельных организмов. В данной статье исследователи из Королевской детской больницы в Мельбурне, представляют понятие "супертранскрипты", заменяющие референсный геном, где каждый ген с несколькими транскриптами представлен одной последовательностью. Программное обеспечение Lace предоставляет функционал для создания супертранскриптов из любого набора транскриптов, включая сборки de novo. Исследователи демонстрируют, как супертранскрипты позволяют визуализировать и обнаруживать варианты и изоформы генов в немодельных организмах. Они далее используют Lace, чтобы объединить референсные и собранные транскриптомы для курицы и восстановить сотни пробелов в референсном геноме.

источник

(а) ген A в геноме (сверху) и соответствующие ему транскрипты (по середине) по сравнению с супертранскриптом для одного и того же гена (снизу). Цвета указывают на блоки супертранскриптов. (b) Схема, иллюстрирующая шаги в алгоритме Lace. Супертранскрипт (внизу) построен из транскриптоа A и B (синий и красный соответственно). (c) Общий рабочий процесс, который авторы предлагают для анализа РНК-секвенирования у немодельных организмов. Риды собираются de novo, транскрипты, сгруппированны в гены, супертранскрипты, собранные с использованием Lace, и риды выровненные еще раз. В данной работе использовали Trinity, Corset и STAR в качестве ассемблера, программы кластеризации и выравнивателя, соответственно, но также можно использовать аналогичные инструменты.


Ссылка на статью

все для dle
0
Добавить комментарий

Оставить комментарий