Искать микросателлиты в вебе

Искать микросателлиты в вебе

 

Интерфейс и и процесс анализа данных в MISA-web

источник


Микросателлиты были открыты около 25 лет назад и по-прежнему остаются широко используемой генетической маркерной системой в генетике растений и криминалистике, где их обычно называют простыми повторами последовательностей (SSR) или короткими тандемными повторами (STR) соответственно. Основным строительным блоком микросателлита является мотив короткой последовательности (обычно от одной до шести bp по длине), который повторяется в тандеме. Эти характерные признаки могут быть обнаружены с помощью анализа полиморфизма длин амплифицированных локусов.

MISA - представляет собой инструмент для поиска микросателлитов в нуклеотидных последовательностях. В дополнение к обнаружению идеальных микросателлитов MISA также может найти идеальные составные микросателлиты, которые состоят из нескольких вхождений более чем одного простого мотива последовательности. MISA широко использовался за последние десять лет, в ходе которой стали очевидными два основных ограничения MISA: сложность работы с ПО без навыков работы в системах UNIX и получения данных в сложном проприетарном формате.

С другой стороны, существует GFF3, который является широко используемым форматом анализа геномных данных. GFF3 представляет собой табличный формат, в котором перечислены функции в нуклеотидных последовательностях и представляется классификация функций на основе онтологий. 

Исследователи из Лейбницского института генетики растений и исследований растениеводческих растений представляют MISA-web, расширение для инструмента командной строки MISA, которое предоставляет графический пользовательский интерфейс и выходные данные в  формате GFF3.


Ссылка на веб-сервис

Ссылка на статью

все для dle
0
Добавить комментарий

Оставить комментарий