Не забудь посчитать изоформы!

Не забудь посчитать изоформы!


Пайплан анализа изоформ при РНК-секвенировании

источник


Альтернативно сплайсированные изоформы транскриптов обычно наблюдаются у высших эукариот, знания уровня экспрессии изоформ являются ключевыми моментами для понимания нормальных функций в здоровых тканях и прогрессирования болезненных состояний. Однако точная количественная оценка экспрессии на уровне транскрипта ограничена существующими технологиями РНК-секвенирования из-за, например, ограниченной длины рида и стоимости глубокого секвенирования транскриптома.


Для решения проблемы количественной оценки изоформ транскриптов было разработано большое количество инструментов, и авторы данного обзора провели всестороннюю оценку биоинформатических инструментов анализа транскриптома с использованием как экспериментальных, так и смоделированных наборов данных РНК-секвенирования. Авторы обнаружили, что недавно разработанные инструменты, которые работают без выравнивания являются достаточно быстрыми и точными. На точность всех методов в основном влияла сложность структуры генов, и что при интерпретации результатов количественной оценки коротких транскриптов следует проявлять особую осторожность. Используя симулированные данные секвенирования генов TP53, авторы обнаружили, что как глубина секвенирования, так и относительное обилие различных изоформ влияют на точность количественной оценки экспрессии.


Ссылка на статью

все для dle
0
Добавить комментарий

Оставить комментарий