Вглубь метилирования

Вглубь метилирования


Пример визуализации в BSviewer

источник


Технология биссульфитного секвенирования широко используется для изучения профилей метилирования ДНК у многих  биологических видов, однако большинство современных инструментов визуализации данных такого вида секвенирования обеспечивают только общие представления о данных (т. е. общие плотности метилирования), в то время как динамика метилирования на уровне нуклеотидов упускается из виду. Между тем, существующие методы также сосредоточены на сайтах CpG, в то время как они не учитывают другую информацию (например, генотипы на сайтах SNP), которые могут быть полезны для интерпретации картины метилирования данных. Таким образом, создание инструмента, который  сможет визуализировать профили метилирования на уровне нуклеотидов и сохранить самую важную информацию о данных секвенирования, является перспективной областью разработки научного ПО.

Группа авторов из Института Здравоохранения им. Ли Ка разработали BSviewer - инструмент визуализации на уровне нуклеотидов для данных бисульфитного секвенирования. Используя гены с импринтингом, авторы демонстрируют, что BSviewer может быть особенно полезен для интерпретации данных с аллель-специфической моделью метилирования ДНК. BSviewer реализован на языке Perl и работает на большинстве платформ GNU / Linux.

Ссылка на браузер
Ссылка на статью

все для dle
0
Добавить комментарий

Оставить комментарий