Повторим материал по scRNA-Seq

Повторим материал по scRNA-Seq

Секвенирование РНК одиночных клеток (scRNASeq) является мощным методом количественной оценки транскриптома отдельных клеток. Однако данные из экспериментов scRNASeq часто являются как зашумленными, так и высокомерными, что делает вычислительный анализ нетривиальным. В данной работе исследователи из Королевского Института Швеции предоставляют обзор различных экспериментальных протоколов и наиболее популярных методов для облегчения анализа данных scRNA-Seq. Они сосредоточены на подходах по определению биологически важных генов, понижении размерности данных и кластеризации предполагаемых популяций клеток. Наконец, они обсуждают подходы к валидации и биологической интерпретации идентифицированных клеточных типов или состояний клеток.

источник

Цвет указывает, какие части матрицы экспрессии корректируются после каждого шага, 

например, выбор объекта удаляет только строки из матрицы экспрессии, тогда как уменьшение размерности приводит к вычислении новой матрицы, состоящую из мета-признаков. Шаги предварительной обработки, которые не рассматриваются подробно в этом обзоре, включают контроль качества и нормализацию.


Ссылка на статью

все для dle
0
Добавить комментарий

Оставить комментарий