Один пайплай to rule them all

Один пайплай to rule them all

Исследователи из Университета Вюрцбурга создали высокопроизводительный модульный пайплайн под названием ANNOgesic, который обеспечивает простой анализ данных RNA-Seq.

Это модульный инструмент командной строки, который может интегрировать различные типы данных RNA-Seq на основе протоколов dRNA-Seq (differential RNA-Seq) или RNA-Seq, которые включают фрагментацию транскриптов для генерации высококачественных аннотаций генома. Он может обнаруживать гены, CDS / тРНК / рРНК, стартовые сайты транскрипции (TSS) и сайты процессинга, транскрипты, терминаторы, нетранслируемые области (UTR), а также малые РНК (sRNA), небольшие открытые рамки считывания (sORF), кольцевые РНК. Он также может выполнять прогнозирование взаимодействий РНК-РНК и белок-белок. Кроме того, он группирует гены в опероны и обнаруживает промоторные мотивы. Он также может выделять GO термы и субклеточную локализацию генов. Некоторые из функций ANNOgesic являются новыми реализациями методов, в то время как другие используют хорошо известные сторонние инструменты, для которых он предлагает адаптивные оптимизации параметров. Кроме того, многочисленные визуализации и статистики помогают пользователю быстро оценивать результаты  анализа ANNOgesic. Инструмент был тщательно протестирован с несколькими наборами данных RNA-Seq из образцов бактерий и архей.


Он стартует с параметров по умолчанию. Эти наборы параметров пройдут через три шага - глобальное изменение (изменение каждого параметра произвольно), большое изменение (изменение двух параметров случайным образом), а затем небольшое изменение (добавляет / вычитает небольшую долю в один из параметров). Затем он выберет наилучший набор параметров для воспроизведения, когда будет выполнен один шаг. Обычно ANNOgesic может достичь оптимизированных параметров в пределах 4000 итераций.

 

Ссылка на пайплайн

Ссылка на статью

все для dle
0

Комментарии 1

  1. Death_and_Taxes
    Death_and_Taxes от 22 сентября 2017 15:15
    Ссылка не рабочая. Не поможете найти актуальную?
Добавить комментарий

Оставить комментарий