Теперь видно всю микробиоту.

Теперь видно всю микробиоту.

Схема работы Visibiome

источник

Учитывая значительное увеличение данных профилей 16S рРНК образцов микробиоты, можно предположить, что в конечном итоге их большие количества  будут доступны для поиска, сравнения и контекстуализации в отношении новых образцов. Этот процесс облегчает идентификацию сходных композиционных особенностей в микробиоте в других образцах и, следовательно, может помочь понять движущие факторы для сборки микробных сообществ.


Группа авторов из Департамента электротехники и информатики Института науки и техники имени Масдара представляет Visibiome, поисковую систему по микробиомным данным, которая может выполнять исчерпывающий поиск сходства на основе филогении и контекстуализацию образцов, предоставленных пользователем, в отношении всеобъемлющего набора данных профилей 16S рРНК. Решая несколько вычислительных задач для того чтобы масштабировать до высоких требований, авторы разработали распределенную систему, которая сочетает в себе технологию веб-фреймворка, планирования задач, облачных вычислений и выделенных серверов баз данных. Для дальнейшего обеспечения скорости и эффективности были реализованы алгоритмы поиска Nearest Neighbor, способные производить сублинейные поиски в высокоразмерных пространствах. Поиск также включает попарное (адаптивное) разрежение и, при необходимости, коррекцию числа копий 16S рРНК. Результатом запроса по микробиому является контекстуализация против всеобъемлющей базы данных образцов микробиомов из самых разных сред, визуализированных с помощью богатого набора интерактивных графиков и диаграмм, включая сопоставление композиций и ранжирование ближайших совпадений в базе данных ,


Visibiome - это удобная, масштабируемая и эффективная платформа для поиска микробиомов против всеобъемлющей базы данных экологических образцов. Поисковая система использует популярную, но вычислительно дорогостоящую метрику расстояния на основе филогении, предоставляя многочисленные преимущества по сравнению с современными инструментами.


Ccылка на веб-сервис

Ссылка на статью

все для dle
0
Добавить комментарий

Оставить комментарий