А так ли ты хорош, sRNA-Seq?

А так ли ты хорош, sRNA-Seq?

Проблема взаимодействия между отдельными клетками, лекарствами и ответом отдельных клеток на терапию является важной задачей среди проблем, которые решает современная наука. Анализ данных одиночных клеток используют для оценки устойчивости ДНК к гербицидам в свежеизолированных лейкоцитах человека или активности этоксирезоруфина-O-деэтилазы цитохрома P450 в анализе одиночных клеток с помощью микроспектрофлуорометрического метода. Лабораторные анализы и секвенирование по технологии одиночных клеток в последнее время рассматриваются как очень эффективный подход для исследования молекулярных механизмов эффективности препаратов и резистентности к лекарствам, открытия и обнаружения новых терапевтических мишеней и генеалогических фенотипов клеток во время прогрессирования заболевания. Секвенирование одиночных клеток является одним из ключевых подходов для определения межклеточной гетерогенности, редких типов клеток, генеалогий клеток, соматического мозаицизма, микробов и эволюции болезни, включая секвенирование генома, секвенирование ДНК-метилома и секвенирование РНК. Из них РНК-секвенирование одиночных клеток (scRNA-seq) демонстрирует транскриптомную вариацию от клетки к клетке, новые типы клеток, процессы развития, стохастичность транскрипции, пластичность транскриптома и эволюцию генома. В данном обзоре исследователи из Университета Фудана выдвигают на первый план оптимизацию и применение scRNA-seq для понимания развития межклеточной гетерогенности, генеалогии и эволюции клеток, а также транскриптомных  сетей взаимодействия с ключевыми мотивами в ответ на эффективность и токсичность препарата.

источник

Целевые популяции клеток выбираются из органов / тканей человека, и затем можно сортировать один тип популяции клеток. Выбор целевых клеток в значительной степени зависит от дизайна исследования, целей и очистки клеток scRNA-Seq может выполняться по утвержденному протоколу, включая системы измерения, подготовку образцов и методологии. Определяемая межклеточная гетерогенность может предсказать чувствительность целевых клеток (зеленые стрелки) после надлежащего анализа данных, например, анализ выравнивания, контроль качества, нормализацию и размерность. Зависимые от лекарств мутации гена и специфичность лекарственного средства для целевых генов могут быть определены после того, как выбранные клетки будут обработаны целевыми препаратами (b, коричневые стрелки). С другой стороны, последовательности генов и эпигенетику отобранных клеток можно измерить до сортировки клеток (c, черные стрелки), чтобы сравнить популяцию клеток с одноцепочечными последовательностями. Молекулярные механизмы, эффективность лекарственного средства и токсичность идентифицированных генов / генных сетей также могут быть подтверждены путем редактирования целевых генов. Одним из наиболее зависимых факторов является то, как интерпретировать соотношение информации и результатов от scRNA-seq с гетерогенностью клеток, реакцией, взаимодействием и фенотипом, а также комбинацией лекарственных средств.


Ссылка на статью

все для dle
0
Добавить комментарий

Оставить комментарий