Забег на редактирование РНК

Забег на редактирование РНК

 

рабочий процесс SPRINT


Редактирование РНК генерирует посттранскрипционные изменения в последовательности, в первую очередь модификацию нуклеотидов РНК, включая аденозин в инозин (А-в-I, детектируемый как А-в-G) и цитозин-урацил (C-в-U, детектируемый как C-в-T). Редактирование A-в-I составляет более 95% всех редактируемых событий в большинстве тканей человека и является универсальным процессом в животных. Редактирование C-в-U встречается как у животных, так и у растений. Редактирование РНК может влиять на кодирование белка, альтернативный сплайсниг, связывание с микроРНК и другие биологические процессы, и может быть основным фактором, влияющим на разнообразие транскриптомов. Показано, что он играет важную роль в развитии мозга, а также связан с рядом заболеваний человека, таких как болезнь Альцгеймера и боковой амиотрофический склероз.


Группа авторов из отдела биостатистики и вычислительной биологии, Школы естественных наук Университета Фудань в Шанхае представил новый метод SPRINT, который идентифицирует сайты редактирования РНК  - RES (RNA editing sites) без необходимости отфильтровывать нуклеотидные варианты. SPRINT также позволяет обнаруживать гипер RES из перевыровненнных ридов и полностью автоматизирован для любых данных RNA-Seq с доступной референсной геномной последовательностью. Авторы строго оценили эффективность SPRINT при обнаружении RES с использованием данных RNA-Seq образцов, в которых гены, кодирующие ферменты, редактирующие РНК, выключены или сверх экспрессированы, а также метод демонстрирует превосходство над современными решениями. Авторы применили SPRINT для исследования редактирования РНК по тканям и видам, а также в развитии эмбриональной центральной нервной системы мыши.


Ссылка на веб-ресурс

Ccылка на статью

все для dle
0
Добавить комментарий

Оставить комментарий