Очень быстрый BLAST

Очень быстрый BLAST

 

Производительность CrocoBLAST


Алгоритм базового локального выравнивания и его реализация (Basic Local Alignment Search Tool, BLAST), активно разрабатываемый NCBI под проектным названием BLAST+, остается самым популярным инструментом для локального выравнивания последовательностей, но не используется для анализа данных последовательностей NGS во всей полноте из-за ограничений, связанных с эффективностью и функциональностью. Высокоэффективные алгоритмы, полученные из BLAST, обычно отдают предпочтение чувствительности по отношению к скорости. С другой стороны, процедуры оптимизации BLAST+, которые сохраняют чувствительность, требуют определенного типа архитектуры компьютера или конфигурации программного обеспечения, совместимы только с одной версией BLAST могут устанавливаться и быть использованы только пользователями со специальной подготовкой в области информатики, или доступны только на коммерческой основе.


Группа авторов из CEITEC-Central European Institute of Technology представляет CrocoBLAST - оболочку для BLAST+, которая преодолевает ограничения в отношении доступности и пользовательского опыта и облегчает применение BLAST+ при анализе данных NGS. CrocoBLAST ускоряет BLAST + и наилучшим образом использует любые доступные вычислительные ресурсы, не требуя установки специализированных приложений или представляющих сложные ноу-хау, и в то же время предлагая ключевую функциональность, включая оценку оставшегося времени выполнения, получение частичных результатов и простое планирование работы процессов, которое позволяет приостанавливать, возобновлять и перенастраивать подпроцессы BLAST+.

Ссылка на софт
Ссылка на статью

все для dle
0
Добавить комментарий

Оставить комментарий