Знания о микроРНК - сила

Знания о микроРНК - сила

  

Схема базы данных miRmine


МикроРНК (miRNAs) представляют собой небольшие некодирующие РНК, регулирующие экспрессию генов через механизм интерференции РНК, и регулируют экспрессию гена и деградацию мРНК. Средняя длина зрелой miRNA равна 22 нуклеотидам, полученным из приблизительно 70-100 нуклеотидов длинной шпилечной РНК, называемой предшественником miRNA, или пре-miRNA. Эти зрелые miRNAs контролируют экспрессию большинства человеческих генов. Было подсчитано, что транскрипты более 60% человеческих генов несут по крайней мере один консервативный сайт связывания miRNA, и многие неканонические сайты связывания также были зарегистрированы в человеческом miRNA-взаимодействии. Более того, одна miRNA может нацеливаться на множество мРНК. Аналогично, одна мРНК может быть мишенью более, чем одной микроРНК. Косвенно, miRNAs также могут влиять на уровень экспрессии множественных мРНК, нацеливаясь на транскрипционный фактор. Существует кумулятивный эффект уровня экспрессии miRNA на многих мРНК, который в конечном итоге приводит к различным клеточным функциям, поскольку конечный выход белка определяется уровнем экспрессии miRNA, а также доступностью мишеней мРНК. Поэтому изменение уровня экспрессии конкретной miRNA иногда приводит к тяжелым патологическим состояниям. Эти профили экспрессии miRNA также полезны для классификации различных опухолей и диагностики рака.


Группа исследователей из Департамента вычислительной медицины и биоинформатки использовали 304 высококачественных набора данных секвенирования микроРНК (miRNA-seq) из NCBI-SRA и рассчитали профили экспрессии для разных тканей и клеточных линий. В каждом наборе данных miRNA-seq они обнаружили в среднем более 500 miRNAs с более чем пятикратным покрытием и исследовали пять наиболее высоко выраженных miRNAs в каждой ткани и клеточной линии. Эта удобная для пользователя база miRmine имеет функционал для извлечения профилей экспрессии одной или нескольких miRNAs для конкретной ткани или клеточной линии, нормальной или с информацией о заболеваниях. Результаты могут отображаться в нескольких интерактивных, графических и загружаемых форматах.


Ссылка на базу данных

Ссылка на статью

все для dle
0
Добавить комментарий

Оставить комментарий