coexpressMAP: инструмент для сравнения генных сетей коэкспрессии человека и мыши

coexpressMAP: инструмент для сравнения генных сетей коэкспрессии человека и мыши


На мышах тестируют человеческие лекарства, изучают человеческие болезни и метаболизм клеток, тканей и органов. В некоторых случаях исследователи экстраполируют эти данные на человека: причиной служит высокая степень сходства геномов и фундаментальных клеточных процессов. Но сходство генов на уровне последовательности еще не говорит о том, что функции этих генов у разных организмов одинаковы.


Группа ученых под руководством Yongshuai Jiang сравнили гены-ортологи человека и мыши. Все гены были разделены на 2 группы: гены со специальной коэкспрессией и гены с общей коэкспрессией. Если гены одновременно экспрессировались в определенной фазе клеточного цикла, на определенной стадии развития или при каком-то внешнем сигнале, то их относили к группе генов со специальной коэкспрессией. Показатели специальной коэкспрессии изменяются в зависимости от биологических условий и от образца к образцу. Вне этих специфических условий экспрессируются гены с общей коэкспрессией и именно они легли в основу анализа. Общий коэффициент коэкспрессии – это постоянная характеристика пары генов, поэтому его можно сравнивать для разных видов.


В результате сравнения генов с общей коэкспрессией оказалось, что профили коэкспрессии консервативны лишь для 36.54% генов (внутри вида этот показатель достигает 98.58%), а это значит, что ортологичные пары генов человека и мыши являются компонентами разных сетей коэкспрессии.


Для того чтобы и другие исследователи могли сравнивать карты коэкспрессии для разных генов мыши и человека была создана база данных coexpressMAP. Какие данные можно получить с ее помощью? На запрос о двух человеческих генах, например CYP2F1 и TNR (Cyp2f1 и Tnr -ортологи мыши) база данных дает информацию о номерах хромосом, общем коэффициенте коэкспрессии для человека GCC = 0.846 и для мыши GCC = −0.155 и разницу в общих коэффициентах коэкспрессии (1.001). Сравнив эту величину с референсным диапазоном для консервативных коэкспрессирующихся генов (−0.0795, 0.0795) мы можем сказать, что профили коэкспрессии для пары генов CYP2F1 (Cyp2f1) - TNR (Tnr) отличаются для человека и мыши. 


Это далеко не первое исследование, посвященное сравнению коэкспрессии генов для человека и мыши, но в его результате появилась база данных coexpressMAP - удобный и полезный инструмент для всех, кто работает с данными об экспрессии генов человека и мыши.

все для dle
0
Добавить комментарий

Оставить комментарий