РазноеВакансия постдока в СПбГУ

В лаборатории «Центр геномной биоинформатики им. Ф.Г. Добржанского» СПбГУ объявляется конкурс на ставку «постдока». Тема исследования: «Сравнительная геномика Mycobacterium tuberculosis: оптимизация базы данных геномных вариантов и разработка аналитических инструментов».

Подробнее
0

РазноеКонкурс на ставку «постдока»

В лаборатории «Центр геномной биоинформатики им. Ф.Г. Добржанского» СПбГУ объявляется конкурс на ставку «постдока» под руководством ведущего научного сотрудника В.Б. Брюхина по приоритетному направлению «науки о жизни».

 

Подробнее
0

Новости / РазноеМолекулярный Шерлок

Молекулярный Шерлок

В недавнем исследовании ученые представили новый метод, который в состоянии отличить генетический материал больного вирусом Зика от пациента с лихорадкой денге, ДНК одной из устойчивых к антибиотикам супербактерии от другой, и ДНК раковых клеток от ДНК неопухолевых клеток — даже когда эта ДНК присутствует в образце в количествах, эквивалентных щепотке соли в объеме целого озера. Ученые во главе с биоинженерером Джеймсом Коллинзом и первооткрывателем CRISPR Фэн Чжаном (Feng Zhang) из института Брода Массачусетского технологического института и Гарварда назвали свою систему SHERLOCK.

Подробнее
+1

Новости / РазноеСледует ли здоровым людям секвенировать свои экзомы?

Следует ли здоровым людям секвенировать свои экзомы?

Компания Ambry Genetics, объявившая о запуске услуги полноэкзомного секвенирования для предположительно здоровых людей относительно недавно вышла на этот рынок. Но вопрос о целесообразности данных услуг для большинства людей остается открытым.

Подробнее
0

Новости / РазноеМожет ли соль предотвратить распространение мультирезистентных бактерий?

Ежегодно 700,000 человек умирает от инфекций, вызванных бактериями с множественной резистентностью к антибиотикам. Помимо разработки новых препаратов применяются меры для снижения передачи мультирезистентных бактерий внутри медицинских учреждений: поверхности, на которых скапливаются бактерии, например дверные ручки, кнопки лифтов или кнопки слива воды покрывают антимикробными материалами, например медью. Но даже на такой поверхности бактерии умудряются выживать в течение нескольких часов.

Известным антимикробным соединением является обычная поваренная соль: с давних пор она сохраняет мясо от сальмонеллы и других патогенов. Брейден Уитлок (Brayden Whitlock), выпускник Альбертского университета, провел пилотный эксперимент, поместив полоски из прессованной поваренной соли, антимикробной меди и нержавеющей стали в культуру метицеллинрезистентного золотистого стафилококка – солевая полоска сработала в разы эффективнее медной, уничтожив 94% бактерий за одну минуту.

Подробнее
0

Новости / РазноеУченые заглянули в геном экстремофилов с помощью SMRT-секвенирования

Группа ученых из Европы, Канады и США с помощью SMRT секвенирования (одномолекулярное секвенирование в реальном времени от англ. Single Molecule Real Time Sequencing) расшифровала геном Fragilariopsis cylindrus, одноклеточной эукариотической диатомовой водоросли, адаптированной к жизни в полярных водах Южного океана (Рис 1). Данная работа имеет большое значение для развития биотехнологической промышленности, рассматривающей экстремофилов как потенциальный источник уникальных ферментов.

Подробнее
+1

Новости / РазноеПодборка занимательных статей на выходные

Для того чтобы не расслабляться на выходных, предлагаем к прочтению подборку статей, составленную редакторами журнала Genome biology - все самое читаемое, обсуждаемое и интересное за 2016 год.

Подробнее
+2

РазноеСкрытые марковские модели и что они скрывают

Если перед вами стоит задача поиска гомологов какого-то гена, то не всегда можно обойтись всем хорошо известным, быстрым и удобным Blast. Дело в том, что он не видит удаленные гомологи, особенно при работаете с некодирующими последовательностями. Такой недостаток программы легко может привести к ложному результату. Например, если вам нужно узнать, когда впервые появляется интересующая вас последовательность, то Blast может серьёзно "омолодить" её, не обнаружив соответсвующие гомологи в удалённом таксоне. В подобном случае вам стоит обратить внимание на программы, использующие скрытые марковские модели. Пожалуй, самой известной среди таких программ является HMMER. Как и к почти любой другой программе, к ней прилагается очень подробное и user-friendly руководство, прочитав которое можно сразу же приступить к анализу вашей, безусловно интересной, последовательности. Однако для адекватной интерпретации выходных данных требуется представление о методе, лежащем в основе программы. Математические статьи и учебники могут быть очень сложны для восприятия (субъективное мнение редактора). Поэтому, предлагаем вашему вниманию две работы, в которых простым языком рассказывается, как работают скрытые марковские модели и от кого они скрываются.

Подробнее
+1

РазноеКак рассказать о своей работе на вечеринке, если ты биоинформатик

Интересные новости будут завтра, а пока держите немного лёгкого чтения. Думаю, многим из вас приходилось долго подбирать слова, отвечая на вопрос: "Хм... Биоинформатик... А, что ты, собственно, делаешь?". И не важно, где вы его услышите, от родственников или друзей в баре (кстати, ведь завтра пятница), всегда непросто решить с какого же края подступиться. Может, стоит начать с общей биологии? Или с математики? Как, в конце-концов, не потерять внимания собеседника, ведь хочется, чтобы он понял, что вы занимаетесь действительно интересными и важными вещами? А если диалог идет в большой компании родственников, то внимание к рассказу о вашей профессии особенно критично, ибо следующий вопрос будет о вашей личной жизни! Своеобразную инструкцию по преодолению вышеупомянутых трудностей предлагает Alicia Oshlack в своей статье "A 10-step guide to party conversation for bioinformaticians".

Подробнее
+1