Геномные браузеры

Серверные геномные браузеры с Web-доступом

  • Biodalliance Просто геномный браузер, как он есть. Позволяет просматривать геномы на разных увеличениях, а также наложить на них собственные данные. Возможна работа с двумя сборками генома человека (GRCh37 и GRCh38) и геномом мыши.
  • Ensembl Один из лучших геномных браузеров. Включает в себя такие программы, как BLAST, BLAT, BioMart и VEP (Variant Effect Predictor ), а также все имеющиеся на сегодняшний день геномы и транскриптомы позвоночных. Позволяет проводить работы в области сравнительной геномики, эволюции, филогении, регуляции транскрипции и многиое другое. Используется для проекта 1000 геномов.
  • GenomeMaps Online геномный браузер. Отображает гены, транскрипты, SNPs, регуляторные элементы, позволяет загружать в облачное хранилище больший объемы собственных данных. Содержит более 30 геномов различных организмов - от простейших до человека.
  • The Genomic HyperBrowser Может помочь в изучении регуляции экспрессии генов, заболеваний связанных с эпигенетическими изменениями генома и обработке чиповых данных. Браузер позволяет осуществлять мощную статистическую обработку загруженных данных.
  • Genoverse Простой геномный браузер, поддерживающий только геном человека. Отображает гены, регуляторные элементы, SNP, нуклеотидную последовательность. Не позволяет загружать пользовательские данные. Может быть легко интегрирован на любой сайт.
  • UCSC Genome Browser Разработка Университета Санта Круз. Свободна на уровне исходных кодов для некоммерческого применения (после регистрации) и несвободна для коммерческого. Скорость, открытость, поддержка и особенно качество и наполненность информацией делает браузер одним из наиболее успешных. Кроме графического браузера параллельно предлагается так называемый Табличный браузер - инструмент для проведения онлайн вычислений над геномами.

С открытым кодом. Ориентированы на рабочую станцию

  • Argo Genome Browser Выполненный на Java браузер для визуализации и аннотирования геномов. Устанавливается самостоятельным приложением на ПК. Судя по всему, работа над данным браузером больше не ведется, последняя версия от 2010-02-05. Особенности: Отображает последовательности и функциональные участки в них. Поддерживает основные форматы: FASTA, Genbank, GFF, BLAST, BED, WIG, Genscan. Поддерживает просмотр множественных выравниваний. Открытый код
  • Artemis Позволяет визуализировать и аннотировать целые геномы, обрабатывать данные NGS, отображает различные особенности последовательностей. Выполнен на Java.
  • Celera Genome Browser Геномный браузер от Celera, разработанный в 2006 году, возможно, поддерживается до сих пор (последнее обновление 2015-08-06). Выполнен на Java. Открытый код. Устанавливается самостоятельным приложением на ПК.
  • ChIPMonk Java-утилита для визуализации данных ChIP-on-chip (технология анализа генома, сочетающая в себе методы иммунопреципитации хроматина (ChIP) и ДНК-микрочипов). Открытый код. Разработка программы закончилась в 2011 году, однако техподдержка есть до сих пор.
  • DiProGB Нетривиальный геномный браузер, который помимо стандартных функций позволяет анализировать физико-химические свойства нуклеиновых кислот, например, свободная энергия, температура плавления, велентные углы. Также программа позволяет осуществляить поиск мотивов, повторов и других структурных элементов в исследуемой последовательности. Поддерживает все основные форматы записи нуклеотидных последовательностей.
  • Gaggle Genome Browser Этот браузер в первую очередь разработан для обработки данных, полученных с помощью чипов. Позволяет работать с большими базами и интегрировать данные с UCSC genome browser. Программа устанавливается на ПК.
  • GeneWall Хотите обрабатывать свои данные даже по дороге на работу? В таком случае, обратите внимание на мобильный геномный браузер GeneWall, который обладает всеми функциями десктопного браузера. На данный момент существуют версии для iPhone и iPad. Появится ли приложение для Android, разработчики не уточняют.
  • GBrowse Классический геномный браузер. Позволяет просматривать геномы на разных увеличениях, а также наложить на них собственные данные. Устанавливается самостоятельным приложением на ПК. Системные требования: Perl 5.8.6 и выше Apache вебсервер
  • JBrowse Классический геномный браузер. Устанавливается на вебсервер, при этом основная часть браузера написана на javascript и работает на стороне клиента. Серверная часть практичестки не содержит кода, за исключением утилиты для форматирования данных. Очень быстрый браузер.
  • Savant Геномный браузер на открытом коде, разработанный для анализа данных NGS с максимальной визуализацией результатов. Помимо общирного набора функцций обладает ещё и приятным интерфейсом. Устанавливается самостоятельным приложением на ПК. Есть версии для Windows, Linux, Mac.
  • GenomeView Ещё один геномный браузер с хорошей визуализацией. Имеет стандартный набор возможностей для работы с геномными данными и данными NGS. Устанавливается самостоятельным приложением на ПК.
  • Genostar Browser Позволяет наложить на изучаему последовательность всю информацию, получаемую из подключаемых баз данных, таких как NCBI Taxonomy, RefSeq (NCBI), UniProtKB, Enzyme, KEGG и Gene Ontology. Обладает удобным интерфейсом и хорошей визуализацией. Программа платная. Устанавливается самостоятельным приложением на ПК.
  • Golden Helix GenomeBrowse Десктопный геномный браузер, позволяющий легко визуализировать пользовательские данные. Очень активная поддержка. Ориентация на GWAS исследования.

Проприетарные с закрытым кодом. Для рабочих станций

  • ALAMUT VISUAL Геномный браузер, интегририрующий информацию с самых разнообразных баз данных (NCBI, EBI, UCSC) и разработанный, главным образом, для работ по обнаружению мутаций. Рекомендуется для использования в медицинских центрах и диагностических лабораториях. Устанавливается самостоятельным приложением на ПК. Платный. Основные особенности: Поддерживает работу только с генами человека, Поддерживает HGVS-номенклатуру, Автоматически ассоциирует обнаруженную мутацию с возможными патологическими состояниями, Вычисляет функциональное влияние мутаций, Включает в себя поисковик по базе PubMed, Поддерживает стандартные форматы, используемые в биоинформатике (VCF, BAM, BED, GFF, fasta и другие). Есть версии для Microsoft Windows и MAC OS.
  • StrandNGS Genome Browser Сочетает в себе функции геномного браузера и инструменты для анализа и визуализации данных NGS. Позволяет одновременно выводить на рабочее пространство сразу несколько участков генома. При просмотре результатов NGS автоматически рассчитывается и визуализирует покрытие, участки с наибольшим разнообразием замен. Устанавливается самостоятельным приложением на ПК. Платный.



To Be Continued...