НовостиНанопора не перестает удивлять, теперь и RNA-Seq

Исследователи из Калифорнийского университета в Санта-Круз (University of California–Santa Cruz) изучили, возможно ли при RNA-Seq использовать давно известную одномолекулярную технологию секвенирования Oxford Nanopore MinION (ONT RNAseq) для идентификации и количественной оценки сложных изоформ без ущерба для точной количественной оценки экспрессии генов.

Подробнее
0

НовостиКальмары интереснее, чем вы думаете


Группа ученых во главе с Ноамом Лисовичем-Брауэром (Noa Liscovitch-Brauer) показали, что головоногие диверсифицируют свой нейронный протеом с помощью редактирования РНК и это ограничивает эволюцию генома.

Подробнее
+1

Новости / СофтСтроим деревья вместе со StarBEAST2: быстрее, лучше, точнее

Строим деревья вместе со StarBEAST2: быстрее, лучше, точнее

 

              

Полностью байесовские MSC (multispecies coalescent) методы наподобие *BEAST оценивают деревья видов по множественному выравниванию последовательностей. Сегодня тысячи генов могут быть просеквенированы для одного конкретного исследования, но использование множества генов скажется на скорости работы *BEAST. Альтернативой является использование эвристических методов, которые ставят под угрозу точность или законченность построенного дерева в обмен на скорость. Чтобы обеспечить более полное использование имеющихся данных и более точный вывод топологии дерева видов, времени дивергенции и скорости замещения Хью Огилви с коллегами разработали новую версию *BEAST под названием StarBEAST2.

Подробнее
0

ОбзорыАнализ данных scRNA-Seq: проблемы и методы биоинформатики, часть 1

Технология scRNA-Seq обещает вынести на новый уровень наше понимание болезней и связанных с ними биологических процессов с беспрецедентным разрешением. Оно открывает возможности для выявления межклеточной неоднородности и применяется для самых разнообразных анализов, начиная от описания субпопуляций раковых клеток и кончая выяснением механизмов резистентности опухолей. Параллельно с совершенствованием экспериментальных протоколов для решения технологических проблем, получение новых аналитических методов для интерпретации сложности данных scRNA-Seq также имеет высокую сложность. В этом обзоре мы рассмотрим современные инструменты и методы биоинформатики для анализа данных scRNA-Seq, а также рассмотрим некоторые к проблемы, с которыми придется столкнуться.

Подробнее
+3

НовостиИсполинские саламандры и где их секвенируют.

Китайская исполинская саламандра (A. davidianus) является самым крупным из существующих видов амфибий в мире и найдена только в Китае, наконец-то может похватстаться тем, что у нее есть полностью отсеквенированный траскриптом.

Подробнее
+2

НовостиДавайте предсказывать микроРНК качественно


Группа авторов во главе с Клаудией Пайку (Claudia Paicu) из Университета Восточной Англии разработали новый алгоритм предсказания микроРНК, под названием miRCat2. MiRCat2 включает новый энтропийный подход для обнаружения локусов микроРНК, который разработан для того, чтобы справиться с большой глубиной севкенирования существующих данных NGS. 

Подробнее
+1

НовостиОбновление ПО влияет на результаты бисульфитного секвенирования

Обновление ПО влияет на результаты бисульфитного секвенирования

 

Метилирование цитозина в геномной ДНК является хорошо изученной эпигенетической модификацией, участвующей во многих клеточных процессах и заболеваниях. Полногеномное бисульфитное секвенирование (WGBS) позволяет получить профили метилирования ДНК по всему геному при разрешении в один нуклеотид. Тем не менее, точность и стабильность получаемых на выходе WGBS данных в зависимости от параметров работы высокопроизводительных секвенаторов не исследовались. Авторы статьи использовали платформу Illumina HiSeq для WGBS и обнаружили, что различные версии программного обеспечения HiSeq и программы для анализа в реальном времени (RTA), установленной на секвенатор, определяли различные уровни глобального метилирования CpG для одних и тех же библиотек. 

Подробнее
0

НовостиQMachine: supercomputing в каждый браузер

QMachine - тул, который помогает использовать современные веб-браузеры в качестве высокопроизводительных рабочих станций для запросов, обработки и визуализации «больших данных» для бионформатики.

Подробнее
+1