НовостиКлассификация микроРНК с использованием мотивов последовательностей и k-меров

МикроРНК (miRNAs) участвуют в пост-транскрипционной регуляции экспрессии генов. Автоматическое обнаружение пре-микроРНК представляет большой интерес и для отличия микроРНК от других последовательностей обычно используют машинное обучение.

Подробнее
0

НовостиДрожжевой геном 2.0


Однажды Джеф Бок (Jef Boeke), ныне один из руководителей проекта Синтетический геном Saccharomyces cerevisiae, признался, что впервые услышав об идее сборки синтетической дрожжевой хромосомы он подумал: «Зачем на Земле это кому-то нужно?»

Но времена меняются и сейчас Бок и коллеги работают над проектом синтетический геном Saccharomyces cerevisiae Sc2.0. Первые искусственные хромосомы Saccharomyces cerevisiae были созданы к 1996 году, и в течение последних 20 лет огромное количество специалистов было привлечено к усовершенствованию этих синтетических хромосом. Результатам этой многолетней работы посвящен целый номер журнала Science.

Подробнее
0

Новости / СофтResistoMap - интерактивная карта резистома кишечной микробиоты


Кишечная микробиота человека является важным резервуаром для распространения антибиотикорезистентности: из-за чрезмерного использования антибиотиков в сельском хозяйстве и безрецептурной продаже антибактериальных препаратов в аптеках наш кишечный микробиом подвергается постоянной экспозиции антибиотиками. В таких условиях гены антибиотикорезистентности могут легко передаваться от симбиотических бактерий к оппортунистическим.

Метагеномный анализ кишечной микробиоты позволил оценить распространенность генов антибиотикорезистентности в разных популяциях, а для визуализации полученных резистомов научная группа под руководством Дмитрия Алексеева запустила проект ResistoMap – интерактивную карту резистомов кишечной микробиоты людей со всего мира. Резистомные профили были получены в ходе 12 исследований. Суммарно они охватывают метагеномы кишечной биоты 1593 человек из 15 стран — для каждого метагенома есть данные о возрасте, поле и клиническом статусе носителя биоты.

Подробнее
0

НовостиДемократизируя биоинформатику


В наше время существует проблема доступности биоинформатических инструментов для пользователей без специальных знаний в области анализа данных и программирования. В настоящее время большинство бионформатических программ и библиотек для языков программирования требуют от пользователя хотя бы базовых навыков написания кода и работы в в командной строке систем с ядром Linux, поэтому значительная часть сообщества разработчиков ПО для биоинформатики  работает в области систем автоматизации пайплайнов, обладающих простым интерфейсом.
Подробнее
0

НовостиКак эта молекула будет пахнуть?


Зная длину световой волны или частоту звуковых колебаний мы можем с легкостью предсказать цвет и звук, но данные о химическом составе и структуре молекулы до недавнего времени не позволяли предугадать ее запах. Андреас Келлер и коллеги стали инициаторами международного соревнования DREAM Olfaction Prediction Challenge, в котором 22 команды, имея данные о химической структуре молекул, пытались предсказать как человек оценит запах этих соединений.

Подробнее
+2

НовостиGSA - новый нуклеотидный архив


Благодаря стремительному развитию технологий высокопроизводительного секвенирования (NGS), увеличению производительности секвенирующих платформ и снижению стоимости сиквенса, происходит беспрецедентно быстрый рост  количества NGS данных. Сотрудники Пекинского института геномики (BGI) в сотрудничестве с университетом Академии наук Китая, университета Фудань и Пекинским институтом заболеваний мозга разработали собственную базу данных для хранения необработанных нуклеотидных прочтений - GSA: Genome Sequence Archive.
Подробнее
0

Новости / РазноеМожет ли соль предотвратить распространение мультирезистентных бактерий?

Ежегодно 700,000 человек умирает от инфекций, вызванных бактериями с множественной резистентностью к антибиотикам. Помимо разработки новых препаратов применяются меры для снижения передачи мультирезистентных бактерий внутри медицинских учреждений: поверхности, на которых скапливаются бактерии, например дверные ручки, кнопки лифтов или кнопки слива воды покрывают антимикробными материалами, например медью. Но даже на такой поверхности бактерии умудряются выживать в течение нескольких часов.

Известным антимикробным соединением является обычная поваренная соль: с давних пор она сохраняет мясо от сальмонеллы и других патогенов. Брейден Уитлок (Brayden Whitlock), выпускник Альбертского университета, провел пилотный эксперимент, поместив полоски из прессованной поваренной соли, антимикробной меди и нержавеющей стали в культуру метицеллинрезистентного золотистого стафилококка – солевая полоска сработала в разы эффективнее медной, уничтожив 94% бактерий за одну минуту.

Подробнее
0