НовостиИсполинские саламандры и где их секвенируют.

Китайская исполинская саламандра (A. davidianus) является самым крупным из существующих видов амфибий в мире и найдена только в Китае, наконец-то может похватстаться тем, что у нее есть полностью отсеквенированный траскриптом.

Подробнее
+1

НовостиДавайте предсказывать микроРНК качественно


Группа авторов во главе с Клаудией Пайку (Claudia Paicu) из Университета Восточной Англии разработали новый алгоритм предсказания микроРНК, под названием miRCat2. MiRCat2 включает новый энтропийный подход для обнаружения локусов микроРНК, который разработан для того, чтобы справиться с большой глубиной севкенирования существующих данных NGS. 

Подробнее
+1

НовостиОбновление ПО влияет на результаты бисульфитного секвенирования

Обновление ПО влияет на результаты бисульфитного секвенирования

 

Метилирование цитозина в геномной ДНК является хорошо изученной эпигенетической модификацией, участвующей во многих клеточных процессах и заболеваниях. Полногеномное бисульфитное секвенирование (WGBS) позволяет получить профили метилирования ДНК по всему геному при разрешении в один нуклеотид. Тем не менее, точность и стабильность получаемых на выходе WGBS данных в зависимости от параметров работы высокопроизводительных секвенаторов не исследовались. Авторы статьи использовали платформу Illumina HiSeq для WGBS и обнаружили, что различные версии программного обеспечения HiSeq и программы для анализа в реальном времени (RTA), установленной на секвенатор, определяли различные уровни глобального метилирования CpG для одних и тех же библиотек. 

Подробнее
0

НовостиQMachine: supercomputing в каждый браузер

QMachine - тул, который помогает использовать современные веб-браузеры в качестве высокопроизводительных рабочих станций для запросов, обработки и визуализации «больших данных» для бионформатики.

Подробнее
+1

НовостиNucAmino поставит мутации вирусов на свое место

 

Группа авторов под руководством Филиппа Тжоу (Philip Tzou) разработали программу выравнивания нуклеотид-аминокислота, оптимизированную для секвенирования вируса, а не для поиска генов.

Подробнее
+2

Новости / СофтОчень приятно, Guide Picker, помогаю с CRISPR.

Пример интерфейса

 

Guide Picker - это облачный инструмент, который позволяет пользователю визуализировать дизайны РНК, построенные по десяти скоринговым функциям, используя один простой графический интерфейс. Guide Picker может сравнивать баллы, как за пределами целевой последовательности, так и вне ее, а также другие параметры для каждой направляющей РНК, нацеленной на белок-кодирующие транскрипты в мышином или человеческом гене. Фильтрация и выбор направляющих РНК в соответствии с различными оценками в одном интерфейсе облегчает задачу тестирования конструкций в разрозненных инструментах проектирования направляющей РНК. После того, как пользователь создал подходящие конструкции, список направляющих РНК можно сохранить и передать для синтеза и экспериментального применения.

Подробнее
+2

ОбзорыВведение в scRNA-Seq

Методы секвенирования РНК одиночных клеток (scRNA-Seq) теперь надежны и экономически обоснованны и становятся мощным инструментом для высокопроизводительного анализа состояний и динамики популяций клеток с помощью анализа их транскриптомов, и теперь это можно делать с высокой пропускной способностью. Подходы для одиночных клеток позволяют обходить артефакты усреднения, связанные с традиционными проблемами данных для массовой популяции, давая новые представления о клеточном разнообразии внутри поверхностно однородных популяций. До сих пор scRNA-Seq уже показало большую эффективность в обнаружении сложных популяций клеток, восстановлении траекторий развития и моделировании динамики транскрипции. Продолжающиеся технические усовершенствования пропускной способности и чувствительности scRNA-Seq, разработка более сложных аналитических структур для данных с одной ячейкой и увеличение набора дополнительных анализов с одной ячейкой все обещают расширить полезность и потенциальные применения scRNA-Seq транскрипционного профилирования.

Подробнее
+1

Новости / РазноеМолекулярный Шерлок

Молекулярный Шерлок

В недавнем исследовании ученые представили новый метод, который в состоянии отличить генетический материал больного вирусом Зика от пациента с лихорадкой денге, ДНК одной из устойчивых к антибиотикам супербактерии от другой, и ДНК раковых клеток от ДНК неопухолевых клеток — даже когда эта ДНК присутствует в образце в количествах, эквивалентных щепотке соли в объеме целого озера. Ученые во главе с биоинженерером Джеймсом Коллинзом и первооткрывателем CRISPR Фэн Чжаном (Feng Zhang) из института Брода Массачусетского технологического института и Гарварда назвали свою систему SHERLOCK.

Подробнее
+1

НовостиKinMap без пиратского клада

KinMap - это удобный веб-инструмент, который облегчает интерактивную навигацию по данным о киназах, связывая биохимические, структурные данные и данные о заболеваниях с человеческим киномом. С этой целью в KinMap интегрируются предварительно обработанные данные из свободно доступных источников, таких как ChEMBL, Protein Data Bank и Center for Therapeutic Target Validation. Они могут быть легко дополнены запатентованными данными. KinMap может быть использован для выявления новых терапевтических свойств известных ингибиторов киназы и для приоритезации киназ для разработки лекарств.

Подробнее
+1

СофтСписок инструментов и интернет ресурсов для анализа белков

Список инструментов и интернет ресурсов для анализа белков

 

Друзья, мы подготовили список важнейших инструментов и интернет ресурсов для изучения структурной биологии белков. Они дополнят список биоинформатических инструментов для работы с геномными данными, которые уже опубликованы на нашем сайте. Познакомьтесь с ними поближе! 

 

Подробнее
+2