ОбзорыВведение в single cell genomics, часть 2


В этой части обзора технологий геномики одиночных клеток мы поговорим об особенностях исследования продуктов полногеномной амплификации, учета стоимости таких экспериментов при их разработке, ошибках секвенирования в геномике одиночных клеток, а также затронем вопросы поиска вариантов в таких данных и их применения на практике.

Подробнее
0

НовостиЗнания о микроРНК - сила

 
Группа исследователей из Департамента вычислительной медицины и биоинформатки использовали 304 высококачественных набора данных секвенирования микроРНК (miRNA-seq) из NCBI-SRA и рассчитали профили экспрессии для разных тканей и клеточных линий. 
Подробнее
0

НовостиМашинное обучение так близко и так легко

Исследователи из Медицинского института Гарвана разработали blkbox - пакет программного обеспечения, включающий интерфейс, который объединяет девять алгоритмов ML для возможности выбора наилучшего классификатора для определенного набора данных.
Подробнее
0

НовостиStata рвется в GWAS

Основная цель группы исследователей из Университета Фессалии и авторов данной статьи - реализовать несколько надежных методов анализа и метаанализа в статистическом пакете Stata и впоследствии сделать программное обеспечение доступным для научного сообщества.

Подробнее
0

НовостиБезоблачная облачная биоинформатика

Исследователи из Университета Монаша разработали облачную платформу Bioinformatics Training Platform (BTP), чтобы автоматизировать предоставление вычислительных ресурсов, учебных материалов и программных инструментов для проведения учебных курсов по биоинформатике.
Подробнее
0

НовостиPALADIN на страже метагеномов

 
Группа исследователей из центра геномных исследований Хаббарда представляют PALADIN - новую модификацию Burrows-Wheeler выравнивателя (BWA), обеспечивающую точное выравнивание, достоверные отчеты и повышение эффективности путем непосредственного сопоставления с белковыми последовательностями.
Подробнее
0

НовостиСеквенировали, теперь надо сжимать.

Авторы работы из Гентского университета предложили AFRESh - адаптивный фреймфорк для сжатия геномных данных без референса (no-reference compression) с возможностью произвольного доступа, нацеливаясь на эффективное представление потоков сырых геномных данных как ридов, так и собранных последовательностей. 
Подробнее
0

НовостиИзучаем онкологию вдумчиво



Развитие высокопроизводительных анализов экспрессии генов за последние два десятилетия предоставило возможность улучшить понимание в области биологии рака и выявить прогностические маркеры в наиболее глубоко проанализированных злокачественных опухолях, таких как гематологический и рак молочной железы. В данном обзоре авторы постараются ответить на вопрос: готовы ли результаты таких исследований к использованию в клинической практике?

Подробнее
0