НовостиРеконструкция печени в 3D

Международная команда исследователей использовала новые технологии геномов стволовых клеток для понимания, того как отдельные клетки работают вместе и используют свои геномы для развития в тканях печени человека.
Подробнее
0

НовостиBioinformatics drills.

В этой статье кратко рассматриваются основные результаты ряда этих исследований. Авторы отмечают, что по-прежнему существует сильная востребованность краткосрочных курсов для повышения квалификации в анализе и интерпретации данных, однако наиболее насущный призыв авторов заключается в том, чтобы биоинформатика была включена в образовательные программы по естественнонаучным дисциплинам.
Подробнее
0

НовостиФедеративная биоиинформатика.

Federation является популярной концепцией в создании распределенных инфраструктур, благодаря чему вычислительные ресурсы предоставляются несколькими организациями через единый портал, что снижает сложность перемещения данных между этими организациями. Federation была использована в биоинформатике только в ограниченной степени, а именно, в организации хранилищ данных, например, Консорциум SBGrid для структурной биологии и Gene Expression Omnibus (GEO) для функциональной геномики.
Подробнее
0

НовостиКогда секвенирования одиночых клеток уже маловато.

Авторы работы попытались интегрировать измерения РНК-секвенирования одиночных клеток с секвенированием генома, профилирование белков, посттранскрипционной регуляцией, метаболомикой и липидомикой, а также клеточной локализацией каждого из них на уровне отдельных клеток.
Подробнее
0

НовостиАннотации не бывает много.

Инструмент EXPath был разработан для аннотации метаболических путей и сравнительного анализа профилей экспрессии генов, настроенных пользователем, полученных на экспрессионных микрочипах или NGS в различных условиях, чтобы вывести метаболические пути для всех организмов в базе данных KEGG.
Подробнее
0

НовостиIn RNA unitas


Исследователи из Университета Йоханнеса Гутенберга разработали unitas, готовое готовое программное обеспечение для полной аннотации наборов последовательностей малых РНК, поддерживающее широкий диапазон биологических видов, для которых доступны референсные последовательности РНК доступные в базах данных Ensembl (в настоящее время более 800). Unitas сочетает в себе высококачественную аннотацию и многочисленные функции анализа в удобной для пользователя форме.

Подробнее
0

НовостиХозяин и патоген выясняют отношения



Исследователи из Университета Сунь Ят-сена разработали  новый метод на основе секвенирования РНК для исследования взаимодействия хозяин-патоген в клетках фибробластов куриных эмбрионов, зараженных вирусом болезни Марека.
Подробнее
0

НовостиГлубже в биологию.

Группа исследователей из отдела биологии и медицинской информатики Технического университета Дании ставит своей целью дальнейшее развитие методов глубинного обучения в биологии путем предоставления примеров и приложений готовых к применению и адаптированых шаблонов кода.

Подробнее
0

НовостиОдиночные клетки в клинике.

Исследователи из Медицинского научно-исследовательского института QIMR Berghofer представляют практическое руководство, помогающее исследователям разрабатывать свои первые пайплайны по scRNA-seq, включая вводную информацию об экспериментальном оборудовании, выборе протокола, контроле качества, анализе данных и биологической интерпретации.
Подробнее
0